Eine FUE eignet sich für Patienten, die auf keinen Fall eine lineare Narbe haben möchten sowie für jüngere Patienten, die eine kleinere Behandlung benötigen. Weiterhin ist eine FUE eine gute Wahl, wenn es um die Transplantation von Körperhaaren geht und im Bereich der korrigierenden bzw. rekonstruktiven Haarchirurgie.

Patienten, die über wenig bis sehr wenig Spendermaterial verfügen, eignen sich ebenfalls für eine FUE wie Patienten, die eine Neigung zu extremer Narbenbildung besitzen oder Patienten, die einen sehr kurzen Haarschnitt tragen möchten. Patienten, die mit Norwood V und VI diagnostiziert wurden, sollten sich einer Kombination aus FUE und FUT unterziehen, um so die höchstmögliche Anzahl an Spenderhaaren zu erhalten.

Beide Entnahmetechniken ermöglichen die Entnahme von durchschnittlich der gleichen Anzahl von Haarwurzeln; ein entscheidender Unterschied ist: Bei einer FUT unter guten Bedingungen, könne 4.000 bis 5.000 FUs in einer Operation entnommen werden, während die entnommene Anzahl bei einer FUE, unter guten Bedingungen, auf 3.000 bis 3.500 FUs beschränkt ist. Eine zweiten Behandlung ist daher bei Verwendung der FUE-Technik üblicherweise notwendig, um die gleiche Anzahl an FUs zu erhalten. Diese kann erst nach etwa 6 Monaten erfolgen.

Die zu erreichende, respektive notwendige Dichte von 30 bis 90 FU pro cm² ist mit beiden Techniken gleichermaßen erfolgreich möglich, so dass die Methode der Entnahme keinen nennenswerten Einfluss auf das Endresultat hat.

Eine FUE ist erfahrungsgemäß weniger schmerzhaft und der Heilungsprozess geht schneller vonstatten. Dennoch handelt es sich auch bei einer FUE um einen Eingriff, der nicht garantiert erfolgreich sein muss.